仙流祖廷的全真仙教后，天下的儒释道三教也就全都奉林清玄为祖师，三教合一也就在一百多年前成为了事实。
在道教说法里林清玄是开创人能修炼成仙的仙道教化祖师，是跟三清祖师、玉皇大帝、东华帝君、真武大帝等四御同等的至高之神，佛祖释迦摩尼和万世师表的孔圣人都要坐在清玄天尊的两侧，做清玄天尊他老人家教化三界的副手。
虽然儒释道三教合一是儒家佛门和儒家都承认的事实，不过全真教的这种说法即使百姓、朝廷大都相信了，但是佛门内部和儒家内部却还是坚持佛祖、孔圣人是和清玄祖师平等的存在，只不过这个平等他们也只能关起门来自欺欺人了。
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