天启时，因拒绝前往魏忠贤生祠拜谒，而受到打压，一直未得提拔。
直到崇祯元年，才起为江西提学副使，后又迁浙江右参政，分守嘉兴、湖州，时有太湖盗贼屠阿丑等聚众，蔡懋德以计策擒捉屠阿丑，并斩于街市，时人皆曰：“懋德知兵。”
而后即因“知兵”之名，起为井陉兵备道，又调宁远，守松山及修台堡而建功，改任济南道，此后又历迁山东按察使、河南右布政使等要职。
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