在空木博士的带领下，小爱她们特别参观了空木研究所。
空木研究所的研究设备应有尽有，小到有用来观察宝可梦细胞的显微镜，大到有用来为宝可梦检查身体状况，恢复健康的医疗器械，跟大木博士一样，空木博士也有着替训练家保管宝可梦的工作，为此，他的研究所里还有专门保管精灵球的保管室，户外有着能够提供给宝可梦自由活动的后院。
不过，与财大气粗的大木博士相比，空木研究所的后院就显得小太多了，大木研究所的后院可是一座有着山川，河流，山谷，湖泊，草原，森林组成的大自然公园，并且根据不同系被划分为好几个区域。
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