天后，大明水师调头向南，驶向小琉球岛，虽然北岛可能也有部分倭寇，但两个月前打劫大明粮船的倭寇南下一直未归，李维正决定放小打大，解决倭寇长期盘踞小琉球岛的局面。
小琉球岛也就是后世的台湾岛，大明建立前属于澎湖巡察司管辖，洪武二年，刚刚建立了一年的大明便开始实行严酷的海禁国策，澎湖巡察司被撤销，澎湖列岛上的军民全部内迁，大明正式放弃了小琉球岛，此刻，欧洲的大探险尚未兴起，日本南北朝之争方兴未艾，倭寇尚没有大规模出现，高丽的野心在于夺取辽东土地，吕宋等南洋诸国大多是荒蛮之，小琉球岛也因此幸运地在海外孤立了数十年而不被别国摄取，一直被零星倭寇和海盗盘踞，成为他们袭扰大陆的基地。
此时的小琉球岛上除了倭寇和海盗外，还生活着许多土著居民和近二万名从大陆逃来的渔民，或许是需要给养的缘故，倭寇并没有屠戮这些渔民，而是向他们勒索高额的鱼粮，或命他们提供劳役，修建码头或房屋，而土著则生活在山区，沿海地区看不见他们的踪影。
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