从元末时期开始，便已经有倭寇袭扰沿海，朱元璋称帝后诏谕四方，然而仍有倭寇“乘大明未定，寇掠沿海”。与此同时，还有张士诚、方国珍的残部逃亡海上，时常与倭寇勾结劫掠货船和袭扰沿海地区，因此明太祖朱元璋对东瀛从一开始就几乎没有任何好感。
明朝建立后第二年（1369年，洪武二年），明太祖遣使诏谕东瀛、占城、爪哇和西洋诸国，随后占城、安南、高丽即朝贡“是岁占城、安南、高丽入贡”。接着明太祖三遣使臣赴日，希望通商和消灭倭寇，但皆被东瀛征西将军怀良挡在关西，无法见到东瀛天皇（北朝持明天皇）。
此时东瀛还处于南北朝时期，分别有以后醍醐天皇为代表的南朝，以持明天皇为代表的北朝和幕府将军足利义满三股势力（幕府将军支持北朝）。东瀛征西将军怀良代表南朝在九州岛镇守关西，由于南北朝分裂九州岛也被这三股势力瓜分。明朝伊始，大明官员甚至无法分清究竟谁才是东瀛真正的主人，天皇是何人。
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