特殊之处在于其由大掌教亲自掌管。如此一来便形成了一个有趣的局面，紫霄宫由大掌教亲自领导，金阙也是由大掌教亲自领导，在某种意义上，两者是齐平的，就像大掌教的左右两手。
最早的时候，尤其是玄圣时代，紫霄宫只是大掌教和掌教夫人的居处、书房，其中的辅理也并无明确实权，不过因为玄圣的巨大威望，紫霄宫作为近臣，能够知悉玄圣想法和意向，故而在这段时间里地位极高，哪怕是参知真人也不敢小觑，甚至要恭敬讨好。
待到玄圣离世之后，紫霄宫的地位有所下降，与普通道宫无异。不过三道纷争加剧，大掌教的权力受到金阙的限制，许多大事需要经过金阙商议，若是诸位大真人们与大掌教意见发生矛盾，大掌教也不得不收回成命。二代大掌教在位末期为了集权，开始选拔亲信心腹进入紫霄宫担任辅理，秉承大掌教的意旨起草诏令、撰述谕旨，以此削弱金阙的权权力将金阙的某些职能移归紫霄宫，使得紫霄宫权势日祟，虽然还未恢复到玄圣时代的地位，但也成为实质上的道宫之首。
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