1637年，日本九州岛原发生了以天草四郎为首的农民起义，同时也是日本的天主教徒的起义。1638年二月，起义军在坚持了一年后被幕府大军包围在岛原大名南部的原城，起义军约五万人包括老少妇孺，被十二万幕府军和各地大名联军围攻了四个多月，但是迟迟未能攻破原城。
历史上日本的岛原半岛是丰臣秀吉的大将小西行长的封地，丰臣秀吉被德川家康击杀后，支持丰臣秀吉的小西行长被斩杀，封地也报德川幕府改封给了其他的大名，本来这在日本也是一个惯例，但是却埋下了岛原起义的引子。
小西行长是天主教徒，而且是岛原地区的“主教”性质的宗教领袖，岛原地区的居民经过上百年的传教，一大半人都信奉天主教，小西行长还在的时候，与葡萄牙、荷兰的传教士、商人交往甚密，引进了很多的欧洲技术和武器，岛原也成为当时日本实力首屈一指的地方大名，小西行长更是担任了侵略朝鲜的倭寇二十万大军的指挥官，由于大明的援朝抗倭，日本两次侵略朝鲜都被击败，小西行长狼狈的退回了日本，结果支持丰臣秀吉的大名实力大损，德川家康趁机发动兵变，建立了德川幕府，小西行长被杀，领地被德川幕府改封。本来这就算是结束了一个时代的变更，倭国百姓改认一个领主就是了，但是却激起了当地天主教徒的极大不满。
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