贝伦、远坂、马奇里处于虚弱无力的状态，大圣杯系统因而被纳粹势力所夺取，后来又被其他的魔术师搬运至别处。冬木市的圣杯战争也迎来了终结。圣杯战争的资讯被公布，此后在世界各地都发生了圣杯战争的“亚种”，召唤英灵变得稀松平常。然而这些亚种的圣杯战争召唤的英灵数量有限，且无法到达根源。
冬木市的圣杯被搬运至罗马尼亚，该地区的一支魔术师向时钟塔宣战，并打算成立新的魔术协会。他们利用圣杯系统召唤了七名从者，而时钟塔利用了大圣杯的“非常时期机制”，另外召唤了另一派别的七名从者。而圣杯本身也召唤了一名特殊职阶的从者－裁定者（Ruler）。而故事的主线，就围绕在这红黑双方从者/御主之间的战斗以及和管理者的冲突而展开。
看到了这里，远坂时臣和爱丽丝菲尔就已经炸了，爱丽丝菲尔还好，毕竟性格还是比较温柔的，但是一边的远坂时臣就完全不同了，御三家被灭了？连圣杯都没了？靠，这个世界的御三家是多么无能啊！
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