理学的确被确立为官方意识形态。但是，洪武、建文年间，虽然科举考试首场的七篇经义文章严格限定在四书五经范围内，却并未规定必须以程朱理学为宗，程朱传注仅是参考之一。
此外，当时八股文尚未定型，在文章形式上也并非十分的严格。故此，士子答题时仍有一些发挥余地。永乐年间，明廷开始组织编纂《四书大全》、《五经大全》和《性理大全》，并颁示全国，规定答题时以程朱理学的注释为准则，且须“代古人语气为之”。这才真正开始钳制读书人的思想。
而到了正德、嘉靖年间，随着阳明心学的兴起，程朱理学的独尊地位就开始受到挑战。王阳明汲取了老庄和佛教的心性论思想，提出了“致良知”和“知行合一”说。他广收门徒，力倡讲学，不仅培养了一大批信徒，而且使阳明心学迅速传播开来。阳明心学不仅在普通士人中广为流传，而且在南北两京的官僚队伍中也有很多信徒。徐阶、李春芳等高官都崇信阳明心学，在京师力倡讲学，不仅进一步扩大了阳明心学的影响，而且使之逐渐被官学和科举接纳，跻身于主流意识形态。
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